Marvel's Avengers n'a que quelques combats de boss dans la campagne de 12 heures, cependant, ils sont assez bien scénarisés et offrent une expérience assez passionnante. Le combat de boss d'Abomination, par exemple, qui se déroule dans les séquences d'ouverture du jeu, est l'un des combats de boss les plus mémorables du jeu.
Monica Rappaccini est l'un des deux principaux combats de boss du jeu, et cela peut devenir assez écrasant pour certains joueurs car il comporte plusieurs phases qui peuvent devenir assez difficiles. Le combat contre Monica se déroule dans la mission «To Stand Alone». Le combat de boss se déroule en trois phases, et il faut se concentrer sur le fait de rester sur la plate-forme dans les trois phases. Tomber exposera le personnage à un gaz toxique qui peut rapidement épuiser sa santé.
Au cours de la première phase, Monica utilise des attaques de base qui peuvent facilement être éludées. Garder une distance de sécurité avec elle et utiliser le pistolet de Black Widow devrait rapidement épuiser sa santé, cependant, se rapprocher trop lui fera utiliser l'attaque de mêlée, ce qui peut s'avérer un peu problématique. Vers la seconde moitié de la première phase, elle disparaîtra et quelques drones apparaîtront à la place. Sortez les drones avec votre pistolet pour la faire réapparaître sur le champ de bataille.
À partir de la deuxième phase, cela devient un peu délicat. Monica commence à courir vers vous si vous essayez de maintenir la distance, vous devez donc assez bien chronométrer vos esquives pour éviter les attaques. Le reste est à peu près le même, avec des attaques à distance faisant l'essentiel du truc. Contrairement à la première phase, Monica invoque des proto-synthoïdes cette fois-ci, ce qui peut être assez difficile à gérer. Assurez-vous d'utiliser correctement vos capacités pour éviter d'être dépassé. Abattre les synthoïdes la fera réapparaître.
La phase finale est assez simple. Elle plonge dans les airs et claque au sol pendant cette phase, cependant, il est assez facile d'éviter cette attaque tant que l'on fait attention aux indicateurs d'impact au sol. La patience est la clé de la phase finale, car l'attaque slam peut s'avérer problématique si vous devenez trop ambitieux.
